Le Mirage 2000-5 Mk2 dispose de 9 points d'accrochage externes (cinq sous le fuselage, quatre sous les ailes). Ces points d'accrochage peuvent recevoir des armements, des nacelles de capteur, des réservoirs largables, dans toutes les combinaisons possibles d'armements "intelligents" pouvant aller jusqu'à 6,3 tonnes.

• Les armements d'origine non française sont plus facilement intégrables.
• L'installation de pods spécifiques permet d'utiliser l'avion pour des missions très particulières comme la reconnaissance électronique ou le ravitaillement en vol d'autres chasseurs.
• Les points d'accrochage sous les ailes peuvent recevoir des réservoirs largables de 1700 ou 2000 litres, qui augmentent considérablement le rayon d'action de l'avion.
• En missions air-sol, le futur armement modulaire français AASM permettra d'engager simultanément plusieurs cibles terrestres.
• Le missile Scalp/Storm Shadow est un missile de croisière à longue portée avec une tête conventionnelle, parfaitement adapté pour des frappes programmées contre des objectifs fixes ou mobiles protégés. Ce missile sera utilisé pour des frappes chirurgicales à longue distance. Il peut opérer par tous les temps, de jour comme de nuit, et peut être tiré à basse altitude de manière à donner un maximum de souplesse à l'avion lanceur. Missiles de type "fire and forget", ils s'adaptent facilement à toutes les conditions d'utilisation et n'imposent qu'une charge de travail minimale au pilote. Ce missile de croisière préstratégique à longue portée est également une arme efficace pour neutraliser les aérodromes fortement défendus. Il se caractérise par sa facilité de déploiement à des distances de sécurité. Le scalp est entièrement autonome, ce qui permet à l'avion lanceur de quitter la zone immédiatement après son lancement. Le missile vole ensuite à basse altitude jusqu'à son impact avec l'objectif.
• En missions air-air, le Mirage 2000-5 Mk2 tire pleinement avantage de la haute puissance de feu que lui confère ses six missiles MICA à guidage radar et autodirecteur infrarouge. Il peut tirer simultanément jusqu'à 6 missiles. La liaison de données entre l'avion et les missiles corrige les informations de désignation d'objectifs en vol. Si les circonstances l'exigent, le Mirage 2000-5 Mk2 peut également tirer 6 missiles MICA en mode "fire and forget", sans avoir recours à la liaison de données. La grande discrétion et la longue portée du missile MICA IR constituent une menace très difficile à contrer, même dans le cas d'un adversaire équipé des meilleurs systèmes de contremesures électronique.
• Le missile MICA peut être utilisé à des distances comprises entre quelques centaines de mètres et 60 km. Il est le seul missile au monde capable d'effectuer toutes les missions de défense aérienne, de l'interception à longue portée, au combat aérien rapproché.
• L'option viseur de casque, associée à l'emploi du missile MICA infrarouge améliore également, et de façon sensible, l'efficacité du Mirage 2000-5/-9 en combat rapproché. Le missile MICA IR, comme le Magic 2, dispose d'un mode de recherche autonome, parfaitement intégré au système d'arme. Dans toutes les phases de ses missions, au-delà des capacités offertes en combat rapproché, le pilote utilise les autodirecteurs de ces missiles infrarouges comme des IRST.