Le système d'armes du RAFALE a été conçu pour permettre l'utilisation sans restriction de tous les armements actuels et connus à venir, quel que soit leur degré de sophistication. RAFALE est, entre autres, capable d'utiliser :

• le missile d'interception, de combat BVR et d'autoprotection MICA, dans ses versions IR et EM,
• la gamme de munitions modulaire air-sol AASM en cours de développement,
• les missiles stand-off à longue portée SCALP/Storm Shadow,
• le futur missile air-air Meteor,
• le futur missile air-air Meteor,le missile anti-navires  Exocet,
• des bombes à guidage laser,
• de l'armement air-sol conventionnel,
• les armements spécifiques du client.

L'interopérabilité totale de la conception modulaire et standardisée du RAFALE est garantie par la conformité à la norme STANAG 1760, ce qui permet l'intégration d'autres armements spécifiés par le client.

Avec une masse à vide d'environ 10 tonnes, RAFALE est équipé de 14 points d'emport (13 sur le RAFALE M). Cinq d'entre eux sont conçus pour emporter des armements lourds et des réservoirs externes. Le poids total des charges externes dépasse neuf tonnes.

RAFALE peut effectuer des missions de ravitaillement en vol de types "Buddy-Buddy" là où l'espace aérien n'est pas accessible aux avions citernes.

Toutes les versions du RAFALE sont équipées du canon Giat Industries DEFA 791 de 30 mm, d'une cadence de tir de 2500 coups par minute.

Grâce à sa grande capacité d'emport et à la puissance de son système d'armes, RAFALE est capable de combiner des missions d'attaque au sol et de combat aérien durant la même sortie. Il est également capable d'accomplir simultanément plusieurs tâches telles que le tir air-air à longue distance pendant une phase de pénétration à très basse altitude : ceci confère au RAFALE une capacité omnirôle très élargie, alliée à un très haut degré de survivabilité.